В настоящее время Институт имеет структуру, которая включает администрацию института, консультативные ортопедические кабинеты для взрослых и детей, кабинет учета и статистики, службу начальника медицинской части, отделения лучевой диагностики, функциональной диагностики, клинико-биохимическую лабораторию, патологоанатомическое отделение, операционный блок, травматологическое отделение, травматолого-ортопедическое отделение № 1, ортопедические отделения № 1 и № 2, отделение анестезиологии и реанимации, отделение восстановительного лечения.
Руководитель - Шлыков Игорь Леонидович.
