В настоящее время в КНИИЭМ функционирует четыре научно-исследовательских лаборатории.
Структурным подразделением КНИИЭМ является консультативно-диагностическая поликлиника инфекционно-аллергических заболеваний, основной деятельностью которой является оказание квалифицированной, специализированной, диагностической и лечебной помощи больным с аллергическими заболеваниями; разработка рациональных схем специфической иммунотерапии; апробация новых видов диагностических и лечебных препаратов; проведение организационно-методической работы по оказанию консультативной и научно-практической помощи врачам по актуальным вопросам аллергологии и иммунологии.
Руководитель - Зиатдинов Васил Билалович.