Сегодня ГКБ им. С.П.Боткина - современный многопрофильный стационар, где можно получить все виды лечения. Пациентов принимает более 70 отделений. В больнице 1800 коек, это 5% от общего коечного фонда в городе. С 2013 года по 2017 годы удалось полностью переоснастить диагностическую и лечебную базу: в рамках программы модернизации московского здравоохранения для ГКБ им. С.П. Боткина было закуплено более 8 тысяч единиц современной медицинской техники на сумму более 3 миллиардов рублей. Более 100 врачей больницы прошли стажировки в ведущих зарубежных клиниках.
Главный врач - Шабунин Алексей Васильевич.